La necesidad de hallar todas las armas existentes en el pueblo fue una de las primeras urgencias de los defensores de la República. Controlar las armas fue la huella y marca de los que procuraron controlar las riendas del poder local. Los milicianos organizados de la localidad fueron los que llevaron a cabo estas tareas de control bajo las órdenes de los dirigentes de los partidos y sindicatos locales. Una de las primeras decisiones tomadas por la comisión gestora municipal fue la de recoger todas las armas. Así lo aseveraba el vecino Gabriel Izquierdo Olivares ante el juez republicano unos días más tarde: “Que por el pregonero del pueblo se avisó a los vecinos de la obligación de entregar en el ayuntamiento las armas de que disponían, lo que efectuó el declarante entregando una escopeta que tenía de un cañón central que la usaba para caza y cinco cartuchos que poseía”. Otro vecino, Julián Navacerrada Barranco (esta vez ante la justicia franquista en 1939), declaraba que denunció a Benito Rodríguez Cascajero y Reyes Pereira Rivero “por haber intentado la detención de su hermano Francisco Navacerrada Barranco y allanar su casa haciendo un registro con el pretexto de buscar armas (...), insultándole con palabras de fascistas”.
Las JSU y la UGT locales se organizaron rápidamente en milicias, ya que el gobierno republicano no pudo proporcionar el orden necesario para templar los ánimos de los vecinos en momentos de gran convulsión. Dichas milicias quedaban formadas por los propios afiliados a dichas organizaciones, militarizadas en un cierto grado, en la medida en que mantuvieron una relativa jerarquía que iba del miliciano, al jefe de grupo y al jefe de milicia. No se conoce su composición interna , pero estuvo elegida por los miembros ejecutivos de las JSU y de la UGT locales.
Con las armas en su poder, era urgente el control del orden público de la localidad. Dichas milicias realizaron vigilancias en las calles y carreteras colindantes. Así lo confirmó el miliciano José Cabrero Rivero : “Auxilió a las autoridades rojas prestando el servicio de vigilancia armado, durante el día y la noche alternativamente, y se relevaban por turnos de seis en seis, (...) y les instruían de la siguiente manera: que si era fascista había que detenerlo y si no era fascista, darle pase libre”. Otro miliciano, José Perdiguero Nogal , decía: “Que ha pertenecido a las JSU de este pueblo, cuya organización le ordenó en los primeros momentos a hacer guardias y vigilancias, cuyo servicio practicaba indistintamente de día o de noche según ordenaban los dirigentes y, de un modo especial, para la vigilancia de los coches que entraban y salían del pueblo, a fin de averiguar si eran o no sospechosos de ser de derechas”. Lo mismo comentaba el miliciano Isidoro López Mayor : “Solo he realizado guardias en los primeros días del movimiento por orden de las sindicales, que eran los que representaban al pueblo en la Fuente Santa, con la misión de parar los coches y ver si iban personas sospechosas”.
El control del tráfico fue una constante en las tareas de los milicianos. De Paulino Perdiguero Marcos se afirmaba que “prestó sus servicios de vigilancia en la carretera parando a los coches y deteniéndoles hasta investigar la gente que en ellos transitaba, siempre provisto de armas”. No solamente vigilaban dichas milicias los alrededores de la localidad, sino que iban más allá de su entorno propio. Por ejemplo, tanto el miliciano León Perdiguero Baena como Mariano Vaquero Esteban decían al juez militar: “han prestado sus servicios en la vigilancia, incluso en el extrarradio a siete kilómetros, en los cruces de Fuente el Saz, Algete con Belvís y otras en (la finca) Pesadilla, con orden de detener a los coches que transitaban a las dos de la mañana por dichos parajes”.
Por lo tanto, el ambiente general en el pueblo era de cierta tranquilidad, a diferencia de lo que ocurría en los pueblos de los alrededores y en la propia capital, donde ya aparecían escenas macabras de asesinados en tapias de cementerios y cunetas. Dos vecinos de la localidad pudieron confirmar esta tranquilidad. Uno de ellos, Gregorio Izquierdo Olivares , arrestado unos días más tarde, confesaba ante el juez republicano que “en su pueblo no ha habido sublevación de ninguna forma, habiendo estado el mismo en poder de las milicias desde los primeros días de la sublevación actual, sin que por nadie se haya hecho resistencia ni oposición de ninguna clase”. Y más adelante : “Que los días diecisiete al veinte de julio los pasó en el pueblo labrando sus fincas con sus obreros. Que no ha tomado parte en la actual sublevación. Que en San Sebastián de los Reyes no hubo sublevación ni lucha entre bandos de ninguna especie, permaneciendo el pueblo en poder de las milicias sin oposición de nadie”.